More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6634 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  82.37 
 
 		 397 aa  647    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 405 aa  834    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  80.89 
 
 		 414 aa  666    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  83.17 
 
 		 397 aa  674    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  82.25 
 
 		 397 aa  667    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  97.28 
 
 		 405 aa  813    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  82.25 
 
 		 397 aa  671    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  82.54 
 
 		 397 aa  676    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  80 
 
 		 407 aa  657    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  82.12 
 
 		 397 aa  645    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  82.54 
 
 		 397 aa  676    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  80 
 
 		 407 aa  657    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  66.24 
 
 		 391 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  65.4 
 
 		 395 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.91 
 
 		 399 aa  528  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 390 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  49.36 
 
 		 395 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  49.36 
 
 		 409 aa  377  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  48.85 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  47.93 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 397 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  47.86 
 
 		 397 aa  374  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  47.86 
 
 		 397 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  48.59 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  47.53 
 
 		 393 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  47.8 
 
 		 392 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  47.8 
 
 		 392 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  47.8 
 
 		 392 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  47.8 
 
 		 392 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  47.8 
 
 		 392 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  46.65 
 
 		 387 aa  356  2.9999999999999997e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.41 
 
 		 386 aa  193  6e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.38 
 
 		 384 aa  190  4e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 401 aa  176  8e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 386 aa  175  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.17 
 
 		 380 aa  160  5e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 387 aa  146  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 385 aa  146  7.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 380 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.54 
 
 		 409 aa  140  3.9999999999999997e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 445 aa  140  4.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 386 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 411 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.82 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 274 aa  65.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 341 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 355 aa  63.5  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  29.46 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 1201 aa  63.2  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  30.24 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 257 aa  62.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 339 aa  62  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.15 
 
 		 328 aa  62  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  27.15 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  27.32 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 309 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  27.39 
 
 		 318 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  26.09 
 
 		 339 aa  58.5  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8463  transcriptional regulator, LacI family  29.21 
 
 		 350 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0746205 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 368 aa  58.5  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  33.03 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  27.54 
 
 		 341 aa  58.9  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 358 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  26.91 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  32.8 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.79 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  25.18 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 340 aa  57  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  27.88 
 
 		 375 aa  57.4  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.32 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 370 aa  56.6  0.0000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  30 
 
 		 340 aa  56.6  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 316 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  24.9 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 321 aa  55.8  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  27.52 
 
 		 293 aa  56.2  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>