More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6031 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  91.92 
 
 		 397 aa  744    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  82.87 
 
 		 405 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 397 aa  810    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  96.22 
 
 		 397 aa  783    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  96.22 
 
 		 397 aa  782    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  98.74 
 
 		 397 aa  800    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  82.37 
 
 		 405 aa  667    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  96.22 
 
 		 397 aa  783    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  95.72 
 
 		 397 aa  778    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  78.76 
 
 		 407 aa  623  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  78.76 
 
 		 407 aa  623  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  76.79 
 
 		 414 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.72 
 
 		 399 aa  524  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  66.4 
 
 		 391 aa  518  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  67.28 
 
 		 395 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  52.47 
 
 		 390 aa  419  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  50.39 
 
 		 409 aa  384  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 392 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  49.1 
 
 		 397 aa  381  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  49.1 
 
 		 397 aa  381  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  49.1 
 
 		 397 aa  381  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  48.97 
 
 		 392 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  48.82 
 
 		 392 aa  377  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  48.45 
 
 		 392 aa  376  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  48.16 
 
 		 393 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  49.09 
 
 		 395 aa  375  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  48.7 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 387 aa  362  7.0000000000000005e-99  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.73 
 
 		 384 aa  198  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.75 
 
 		 386 aa  189  8e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.53 
 
 		 380 aa  172  6.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 386 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 401 aa  167  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 385 aa  166  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.35 
 
 		 409 aa  143  6e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 387 aa  140  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 411 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.73 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  26.73 
 
 		 328 aa  65.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.27 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  32.12 
 
 		 257 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0081  transcriptional regulator, LacI family  32.31 
 
 		 327 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  30.96 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  33.66 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  28.63 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  29.53 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  27.78 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2762  transcriptional regulator, LacI family  32.97 
 
 		 339 aa  60.1  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.683776  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  26.87 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  32.61 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  29.96 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  28.8 
 
 		 355 aa  58.9  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 339 aa  58.5  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0536  transcriptional regulator  28.47 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  27 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4158  alanine racemase  30.52 
 
 		 416 aa  58.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  28.26 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 1201 aa  57.4  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  28.49 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 531 aa  57  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  23.96 
 
 		 333 aa  57  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  28.47 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0695  transcriptional regulator, LacI family  27.57 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0821691  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6530  transcriptional regulator, LacI family  28.42 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00751965 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 341 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  29.62 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1755  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.17 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0701785 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  27.35 
 
 		 357 aa  56.2  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  26.62 
 
 		 350 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 294 aa  55.8  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0169  transcriptional regulator, LacI family  30.51 
 
 		 377 aa  55.8  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.042764  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.27 
 
 		 339 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 296 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 		 338 aa  55.1  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 304 aa  55.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>