More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3035 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 380 aa  779    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2801  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.68 
 
 		 386 aa  228  2e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.749326  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.12 
 
 		 409 aa  222  8e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  31.66 
 
 		 401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6583  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 387 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.63 
 
 		 384 aa  184  2.0000000000000003e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2882  helix-turn-helix, AraC type:periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.82 
 
 		 399 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.677365  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4330  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547416  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  29.4 
 
 		 392 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  29.32 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  29.32 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  29.32 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  29.32 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  29.32 
 
 		 392 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2304  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0753369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 390 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  29.4 
 
 		 409 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 392 aa  177  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3001  xylose operon regluatory protein  29.18 
 
 		 395 aa  176  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282498  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 397 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  27.91 
 
 		 397 aa  173  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  27.91 
 
 		 397 aa  173  5e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 397 aa  173  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 397 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 397 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0082  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 395 aa  168  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.719713  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2337  xylose operon regluatory protein  30.45 
 
 		 397 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247833  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 407 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 407 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6031  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 405 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6634  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 405 aa  160  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.903716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2316  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 380 aa  159  9e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0587517  normal  0.0445967 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6331  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 397 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1869  helix-turn-helix domain-containing protein  26.36 
 
 		 393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.713108 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 414 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 386 aa  152  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0794  AraC family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 387 aa  149  7e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1793  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 445 aa  145  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 411 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1736  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1098  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6737  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  31.48 
 
 		 337 aa  69.7  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  37.36 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6703  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 341 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 345 aa  67.4  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3661  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 289 aa  67  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2791  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 375 aa  67  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  30.52 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6249  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 356 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 332 aa  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2912  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 326 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.299019 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  34.11 
 
 		 343 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 		 343 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 363 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 340 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 1201 aa  65.1  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34510  ArgR-like transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 257 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  30.77 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  30.77 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  38.89 
 
 		 374 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  30.77 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6275  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>