More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3170 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 332 aa  691    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  33.74 
 
 		 334 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4385  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.357896  decreased coverage  0.000854827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  22.52 
 
 		 334 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3156  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 327 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0524869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 239 aa  88.2  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 274 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 332 aa  86.7  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 279 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 260 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  29.68 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 202 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.61 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 327 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 312 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.2 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.2 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.2 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  29.68 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 408 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.2 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.42 
 
 		 325 aa  78.2  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.2 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  30.2 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  24.3 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  25.36 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 347 aa  77  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  30.91 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 		 281 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.94 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  32.73 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.92 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  31.43 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  33.07 
 
 		 408 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 255 aa  75.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 237 aa  75.1  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 234 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  32.69 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 409 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  31.68 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 409 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  25.96 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 262 aa  74.3  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  19.63 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  25.87 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 409 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>