More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4385 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4385  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 323 aa  672    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.357896  decreased coverage  0.000854827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 334 aa  132  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3156  transcriptional regulator, AraC family  23.89 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0524869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 519 aa  61.6  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  32.41 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  42.25 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.16 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0626  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.653952  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  45.76 
 
 		 290 aa  55.8  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1706  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 778 aa  56.2  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 539 aa  55.8  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4458  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 446 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 308 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1137  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 287 aa  55.5  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000101216  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.68 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  30.68 
 
 		 961 aa  55.1  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 315 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  44.3 
 
 		 300 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  55.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  39.39 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3119  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.82 
 
 		 293 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00676861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.53 
 
 		 530 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 300 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 140 aa  54.3  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  44.3 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  47.83 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  28.97 
 
 		 198 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 300 aa  55.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 290 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 305 aa  54.3  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  27.91 
 
 		 290 aa  53.9  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  32.46 
 
 		 250 aa  54.3  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  27.91 
 
 		 290 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  28.57 
 
 		 279 aa  54.3  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  28.97 
 
 		 198 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 387 aa  54.3  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  27.91 
 
 		 290 aa  53.9  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  38.96 
 
 		 278 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 198 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 278 aa  53.5  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 940 aa  53.5  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 411 aa  53.5  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 292 aa  53.5  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  37.68 
 
 		 282 aa  53.5  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 296 aa  53.1  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 296 aa  52.8  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 259 aa  53.1  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  37.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  27.71 
 
 		 284 aa  52.8  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 282 aa  53.1  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  37.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 259 aa  52.8  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  37.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 299 aa  52.8  0.000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 360 aa  52.8  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  37.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  29.79 
 
 		 295 aa  52.8  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  37.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  37.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  37.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  38.57 
 
 		 271 aa  52.4  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  27.1 
 
 		 198 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 277 aa  52.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 266 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 277 aa  52.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 313 aa  52.4  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1897  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0436968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  27.1 
 
 		 198 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 1201 aa  52  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2009  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 297 aa  52  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 338 aa  52.4  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 271 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 278 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 296 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 271 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  24.4 
 
 		 343 aa  52.4  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 358 aa  52.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  37.31 
 
 		 312 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 360 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  34.18 
 
 		 255 aa  51.6  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  35.62 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1455  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  25.38 
 
 		 391 aa  51.2  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>