More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1795 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
334 aa  690    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  22.52 
 
 
332 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  19.7 
 
 
334 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  43.53 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 
363 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  41.41 
 
 
347 aa  73.2  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 
513 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 
333 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 
519 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 
263 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 
118 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 
409 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 
409 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4385  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.357896  decreased coverage  0.000854827 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  21.76 
 
 
343 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 
409 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 
408 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 
408 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  32.69 
 
 
250 aa  69.3  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  38 
 
 
271 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 
154 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 
299 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  22.92 
 
 
299 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  41.18 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  38 
 
 
271 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 
294 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  31.73 
 
 
250 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1507  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 
370 aa  68.2  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 
278 aa  67.8  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  37.62 
 
 
295 aa  67.4  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  41.86 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  24.53 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 
1201 aa  67  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 
412 aa  67  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
334 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  30.16 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 
308 aa  67  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 
517 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  43.06 
 
 
355 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 
308 aa  66.2  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  37 
 
 
268 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 
332 aa  65.9  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  31.91 
 
 
283 aa  65.9  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  31.91 
 
 
283 aa  65.9  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0701683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  31.91 
 
 
283 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
537 aa  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 
266 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 
319 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  31.91 
 
 
283 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  27.93 
 
 
529 aa  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  30.69 
 
 
293 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
269 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 
409 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
271 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 
405 aa  64.7  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  35.53 
 
 
303 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 
409 aa  64.7  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 
143 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  32.29 
 
 
337 aa  64.7  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36.47 
 
 
331 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
271 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.26 
 
 
324 aa  65.1  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  27.03 
 
 
529 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 
357 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 
291 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
271 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 
337 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  29.25 
 
 
284 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  40.24 
 
 
301 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 
284 aa  64.3  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  35.56 
 
 
392 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 
409 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  24.05 
 
 
305 aa  63.9  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  35.56 
 
 
392 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4449  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
439 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.943681  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  30.09 
 
 
331 aa  63.9  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 
327 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  35.56 
 
 
392 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  43.84 
 
 
351 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  35.56 
 
 
392 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  35.56 
 
 
392 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 
316 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 
531 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
291 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 
349 aa  63.9  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  35.96 
 
 
275 aa  63.2  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  30.09 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 
318 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  30.66 
 
 
274 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 
329 aa  63.2  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.35 
 
 
294 aa  62.8  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.5 
 
 
315 aa  63.2  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 
296 aa  62.8  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
409 aa  63.2  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 
515 aa  62.8  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 
539 aa  62.4  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  29.63 
 
 
316 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>