More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4444 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  100 
 
 		 282 aa  594  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  98.94 
 
 		 282 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  98.94 
 
 		 282 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  99.29 
 
 		 282 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  99.29 
 
 		 282 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  79.79 
 
 		 312 aa  481  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  79.43 
 
 		 312 aa  481  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  79.79 
 
 		 312 aa  480  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  79.79 
 
 		 312 aa  480  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  79.79 
 
 		 312 aa  480  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  78.37 
 
 		 312 aa  475  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  78.37 
 
 		 312 aa  475  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  79.08 
 
 		 312 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  78.72 
 
 		 312 aa  474  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 282 aa  446  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 		 290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 		 290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  53.09 
 
 		 290 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  47.97 
 
 		 296 aa  255  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 284 aa  250  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  46.49 
 
 		 284 aa  246  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  45.76 
 
 		 284 aa  246  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  33.95 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  33.58 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  33.58 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  33.58 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 		 278 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 		 278 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  32.84 
 
 		 278 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  32.47 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  32.47 
 
 		 278 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  32.35 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  30.26 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  31.25 
 
 		 279 aa  142  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  30.4 
 
 		 273 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  30.4 
 
 		 273 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  30.51 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  29.52 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  30.51 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 277 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  28.4 
 
 		 294 aa  75.5  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  30.69 
 
 		 537 aa  72.4  0.000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  23.97 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  23.41 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  23.97 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  22.89 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 290 aa  68.9  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1148  AraC family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 323 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00767065  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  27.08 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 530 aa  66.6  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  24.44 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 386 aa  65.9  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  23.57 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  22.58 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  20.88 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  21.48 
 
 		 297 aa  65.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  23.94 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2751  transcriptional regulator, AraC family  23.14 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  27.34 
 
 		 279 aa  65.9  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0374  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  22.88 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  36.25 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  26.16 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 361 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  25.87 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  31 
 
 		 1278 aa  63.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  35 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  32.67 
 
 		 1400 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.85 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  33.72 
 
 		 1324 aa  62.8  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  26.45 
 
 		 1397 aa  62.4  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 318 aa  62.4  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>