More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1172 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 294 aa  603  9.999999999999999e-173  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2338  AraC family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  23.84 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 257 aa  75.5  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  22.78 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  24.23 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 519 aa  72  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 249 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  23.11 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  22.89 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  23.28 
 
 		 275 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2988  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  24.53 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  22.44 
 
 		 312 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  22.44 
 
 		 312 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  22.44 
 
 		 312 aa  68.9  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  22.89 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  22.7 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  22.75 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  22.89 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  22.75 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  22.89 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  22.05 
 
 		 312 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  33.67 
 
 		 306 aa  67  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  25.33 
 
 		 289 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  22.44 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  22.05 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  22.05 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  23.22 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  23.22 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  33.33 
 
 		 1414 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  20.07 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  21.63 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  23.22 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 519 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1880  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3724  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  23.81 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2406  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.280616  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1145  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 326 aa  63.2  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  23.81 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  23.81 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  18.95 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  31.37 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  33.33 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  23.33 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  18.95 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1479  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 1121 aa  62.8  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  21.61 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  30.47 
 
 		 1384 aa  62.8  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 328 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1251  two component transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 566 aa  62.8  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  23.38 
 
 		 294 aa  62.4  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 342 aa  62.4  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  31.37 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  19.72 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  27 
 
 		 160 aa  62.4  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 312 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  23.81 
 
 		 278 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  22.69 
 
 		 278 aa  62  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0787  AraC family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  19.69 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  18.75 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>