More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1225 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  499  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  76.31 
 
 		 250 aa  381  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  76.49 
 
 		 250 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 257 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 263 aa  168  8e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  31.58 
 
 		 259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  33.86 
 
 		 270 aa  139  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  32.93 
 
 		 270 aa  138  7.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 248 aa  122  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 254 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  34.32 
 
 		 255 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 255 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  35.54 
 
 		 254 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 257 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 255 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 254 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 259 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  32.77 
 
 		 255 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 263 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 299 aa  96.7  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 275 aa  96.3  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 259 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 243 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 243 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  35.46 
 
 		 188 aa  92  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  41.04 
 
 		 312 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 312 aa  89.4  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 305 aa  88.6  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 305 aa  88.6  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 309 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 240 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 301 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  31.69 
 
 		 248 aa  85.5  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  85.5  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  41.35 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  29.29 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  38.28 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  45.26 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4449  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 439 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.943681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0591  AraC family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  37.61 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3309  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  31.62 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  38.28 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  26.16 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2224  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 278 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000575993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 291 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  78.6  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1736  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 333 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 353 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5912  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 281 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2791  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  31.91 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  44.9 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4687  AraC family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>