More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0422 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 284 aa  591  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  96.13 
 
 		 284 aa  551  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  77.82 
 
 		 296 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  79.27 
 
 		 284 aa  437  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  50.91 
 
 		 290 aa  275  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  50.91 
 
 		 290 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  50.91 
 
 		 290 aa  275  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  47.84 
 
 		 312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  47.84 
 
 		 312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  47.48 
 
 		 312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  47.48 
 
 		 312 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  47.48 
 
 		 312 aa  265  8e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  47.48 
 
 		 312 aa  265  8e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  47.48 
 
 		 312 aa  265  8e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  47.12 
 
 		 312 aa  264  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  47.12 
 
 		 312 aa  262  4.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 282 aa  261  8e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  46.13 
 
 		 282 aa  255  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  46.13 
 
 		 282 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  46.13 
 
 		 282 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  45.76 
 
 		 282 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  45.76 
 
 		 282 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  36.67 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  36.3 
 
 		 278 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  36.67 
 
 		 278 aa  155  8e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  36.3 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  36.3 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  36.3 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  36.3 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  36.3 
 
 		 278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  36.3 
 
 		 278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  35.19 
 
 		 278 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  35.19 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  35.19 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  35.19 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  34.81 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  33.7 
 
 		 278 aa  143  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  34.3 
 
 		 279 aa  142  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  33.57 
 
 		 279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  32.23 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  32.25 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  31.18 
 
 		 273 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  31.07 
 
 		 273 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  31.18 
 
 		 273 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 277 aa  75.5  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 526 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 338 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  37.62 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2338  AraC family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 386 aa  66.2  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1639  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 270 aa  65.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.066752 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0309  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 320 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 325 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  35.87 
 
 		 387 aa  62.4  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 340 aa  62.4  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  35.79 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  39.73 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0701683 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  39.73 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  39.73 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  39.73 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  38.16 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 333 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 336 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  36.78 
 
 		 1366 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  36.17 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  23.66 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 537 aa  61.6  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 462 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  31.85 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 252 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  40.54 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  32.67 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1007  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114104 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3119  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.44 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00676861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 506 aa  61.2  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3314  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 236 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>