More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0421 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  100 
 
 		 279 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0500  transcriptional activator RhaS  97.49 
 
 		 279 aa  536  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3484  transcriptional activator RhaS  80.66 
 
 		 281 aa  430  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  79.5 
 
 		 278 aa  424  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  57.51 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  57.51 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  57.51 
 
 		 273 aa  318  5e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  50.55 
 
 		 278 aa  286  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  50.92 
 
 		 278 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  50.92 
 
 		 278 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  50.55 
 
 		 278 aa  286  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  50.55 
 
 		 278 aa  284  9e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  50.55 
 
 		 278 aa  284  9e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  50.55 
 
 		 278 aa  284  9e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  50.55 
 
 		 278 aa  284  9e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  50.18 
 
 		 278 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  50.18 
 
 		 278 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  51.47 
 
 		 278 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  51.1 
 
 		 278 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  52.38 
 
 		 278 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  52.38 
 
 		 278 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  52.01 
 
 		 278 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  33.45 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  31.25 
 
 		 282 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  31.25 
 
 		 282 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  31.25 
 
 		 282 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  31.25 
 
 		 282 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  30.88 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  32.84 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  32.84 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  32.84 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  32.84 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 		 312 aa  149  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  32.84 
 
 		 312 aa  149  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  32.84 
 
 		 312 aa  149  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  32.73 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  32.73 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  32.73 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  32.47 
 
 		 312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0422  transcriptional regulator, AraC family  32.25 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.205512  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  32.1 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0501  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 329 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  27.86 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  35.85 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  32.59 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 281 aa  70.5  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 361 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 1201 aa  70.1  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  22.1 
 
 		 282 aa  68.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 353 aa  67  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 336 aa  67  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 294 aa  67  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 312 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  25.19 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.84 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6340  transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  23.72 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  33.05 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  30.28 
 
 		 1374 aa  65.9  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 320 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.66 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 360 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  20.4 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 367 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 367 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 338 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 509 aa  65.5  0.0000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>