More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4328 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 310 aa  645    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  38.21 
 
 		 278 aa  199  6e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 277 aa  159  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  34.03 
 
 		 281 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  31.99 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 279 aa  132  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  27.14 
 
 		 277 aa  132  7.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.94 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  28.15 
 
 		 275 aa  102  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  23.79 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  23.79 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  23.79 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0844  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  23.79 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  23.79 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  23.42 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  23.42 
 
 		 312 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 284 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  23.96 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  23.96 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  22.74 
 
 		 298 aa  67  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  23.42 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 332 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 251 aa  67  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  23.69 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  25.76 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  23.77 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  28.19 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  25.48 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  25.66 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  25.48 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  22.06 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  25.66 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  25.48 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3608  transcriptional activator RhaS  25.37 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  22.81 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  25.48 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 678 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  25.1 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4065  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.209723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0421  transcriptional activator RhaS  26.02 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  24.81 
 
 		 273 aa  62.4  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 281 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  24.81 
 
 		 273 aa  62.4  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  25.09 
 
 		 278 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 281 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  24.81 
 
 		 273 aa  62.4  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  24.91 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 291 aa  62.4  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.35 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  22.73 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  33.06 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  22.95 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  22.03 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 773 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  22.47 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  24.25 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  34.38 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  23.79 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  28.71 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  24.25 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  23.05 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>