More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2509 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 277 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.53 
 
 		 275 aa  300  1e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  41.22 
 
 		 281 aa  228  8e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 282 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 278 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  29.74 
 
 		 279 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  27.45 
 
 		 277 aa  119  7.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  26.4 
 
 		 275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  24.8 
 
 		 745 aa  67  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  24.8 
 
 		 745 aa  67  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  21.18 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  21.57 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  22.05 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  23.13 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.86 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  23.89 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  24.51 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  22.22 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  22.05 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 1201 aa  62.4  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 531 aa  62.4  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 546 aa  62  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  23.86 
 
 		 322 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  27.54 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  27.78 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  21.69 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  23.6 
 
 		 284 aa  59.7  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  21.9 
 
 		 273 aa  58.9  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  21.96 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 359 aa  58.9  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 515 aa  58.9  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4021  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.185045  normal  0.0217611 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01490  DNA-binding transcriptional dual activator of multiple antibiotic resistance  31.07 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2115  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000178307  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1691  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  23.32 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2145  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  23.32 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2127  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.299134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  22.09 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  26.21 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1651  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00571718  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 288 aa  58.9  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1624  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.936948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  26.39 
 
 		 396 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1733  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1632  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.599726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  32.53 
 
 		 386 aa  58.9  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01501  hypothetical protein  31.07 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0218777  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 289 aa  58.5  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  21.52 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  22.09 
 
 		 312 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  21.52 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 760 aa  58.2  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1639  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  26.39 
 
 		 396 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1816  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1674  DNA-binding transcriptional activator MarA  31.07 
 
 		 127 aa  58.5  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  22.09 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  21.64 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  20.23 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  29.75 
 
 		 497 aa  57.4  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 462 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  22.09 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  26.92 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1997  DNA-binding transcriptional activator MarA  31 
 
 		 127 aa  57.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0707519 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>