More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2782 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
293 aa  610  9.999999999999999e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 
285 aa  126  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 
290 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 
295 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 
279 aa  119  6e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 
294 aa  115  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 
285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 
290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 
307 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 
294 aa  106  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 
289 aa  105  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  30.79 
 
 
295 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 
299 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 
294 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 
299 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 
304 aa  103  5e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 
282 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 
286 aa  102  9e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 
293 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  28.33 
 
 
290 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 
311 aa  99.8  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 
295 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 
284 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 
309 aa  99.4  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
289 aa  99  8e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 
278 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 
280 aa  98.6  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 
293 aa  97.1  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 
259 aa  96.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  30.31 
 
 
281 aa  96.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 
289 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 
289 aa  96.3  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 
285 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 
315 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 
274 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 
283 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 
286 aa  93.2  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 
279 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 
305 aa  93.2  5e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 
329 aa  93.2  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  27.56 
 
 
279 aa  92.4  8e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 
299 aa  92.4  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 
271 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 
294 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 
287 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 
292 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 
266 aa  89.4  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 
293 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 
297 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 
301 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 
297 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 
276 aa  87.8  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 
294 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 
290 aa  87.4  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 
310 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 
279 aa  87  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  25.74 
 
 
282 aa  85.9  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 
316 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
317 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 
285 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 
310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 
280 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 
319 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 
297 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 
282 aa  84  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 
287 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 
293 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 
286 aa  82.4  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 
289 aa  82.4  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 
291 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 
297 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 
292 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  26.25 
 
 
305 aa  82  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  23.74 
 
 
296 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 
319 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 
284 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  41.41 
 
 
289 aa  80.9  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 
289 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 
290 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  23.74 
 
 
296 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  27.42 
 
 
291 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 
290 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 
314 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  26.6 
 
 
303 aa  79.3  0.00000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 
296 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  23.35 
 
 
296 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 
306 aa  79.3  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 
282 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
288 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 
292 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  27.89 
 
 
303 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>