More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2789 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 295 aa  614  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  43.01 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  43.49 
 
 		 280 aa  236  4e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  36.51 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  36.29 
 
 		 283 aa  162  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 		 280 aa  152  7e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  30.55 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  30.03 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 285 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 282 aa  119  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  31.05 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 290 aa  116  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1737  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 293 aa  108  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 286 aa  105  9e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  24.59 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 282 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 297 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 285 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 271 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 309 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 281 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  25.55 
 
 		 289 aa  99  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 287 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 286 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 279 aa  96.7  5e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 295 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  26.12 
 
 		 308 aa  96.7  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.63 
 
 		 283 aa  95.9  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 294 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  26.64 
 
 		 291 aa  93.2  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  27.48 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 317 aa  92.4  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 282 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 289 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5451  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 270 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 283 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  36.03 
 
 		 331 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 287 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 309 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  24.31 
 
 		 289 aa  89  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 321 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  26.17 
 
 		 279 aa  88.6  1e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 285 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 303 aa  87.4  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.59 
 
 		 259 aa  87.4  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.21 
 
 		 266 aa  86.7  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  28.09 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  23.48 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>