More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2143 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 278 aa  578  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  28.41 
 
 		 281 aa  139  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.01 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  27.4 
 
 		 277 aa  122  9e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  28.16 
 
 		 275 aa  119  7e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 277 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  26.17 
 
 		 279 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  21.28 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  21.2 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  21.13 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  20.88 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 327 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  24.9 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  22.98 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 327 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  33.33 
 
 		 289 aa  67  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.91 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  21.6 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  21.19 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.2 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  19.17 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 773 aa  64.7  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2717  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  32.71 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  22.98 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4200  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 349 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3724  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135775  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  20.65 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5406  hypothetical protein  20.09 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.583358 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  18.8 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 338 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  32.11 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 280 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 318 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0591  AraC family transcriptional regulator  19.92 
 
 		 321 aa  62.4  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  24.47 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  22.3 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 298 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  23.02 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 361 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  26.47 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  22.52 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  23.66 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  19.14 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  23.66 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1779  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.255898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1900  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 356 aa  60.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>