More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3605 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  100 
 
 		 291 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 292 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 294 aa  268  7e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 291 aa  256  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.64 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 315 aa  115  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 278 aa  112  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 		 266 aa  106  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 289 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 299 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 319 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  28.97 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 297 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 290 aa  103  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 281 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 283 aa  95.5  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 287 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 292 aa  92.8  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  24.01 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 290 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 271 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 287 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 282 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  25.81 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 289 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 310 aa  86.3  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  22.82 
 
 		 290 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  23.51 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  23.13 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  23.75 
 
 		 263 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  27.9 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1809  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.31 
 
 		 150 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000134184 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  23.28 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  22.87 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 283 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  27.52 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 331 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  21.95 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3169  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.03 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.926354 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 313 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 281 aa  68.2  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  21.74 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  22.68 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>