More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5379 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 295 aa  616  1e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  69.26 
 
 		 296 aa  444  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 		 285 aa  135  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 290 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  30.27 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 283 aa  103  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 289 aa  99.8  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 285 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 282 aa  99.4  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 280 aa  99  8e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25.42 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  28.62 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.17 
 
 		 259 aa  97.4  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 304 aa  96.3  5e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 		 308 aa  96.7  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 301 aa  95.5  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 282 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 302 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 284 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  28.98 
 
 		 280 aa  93.2  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 290 aa  92.8  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 293 aa  92.8  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.17 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 278 aa  92.8  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 297 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  27.47 
 
 		 297 aa  92.4  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 279 aa  92  9e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  31.85 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  32.88 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 286 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  31.87 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  28.83 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 282 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  31.74 
 
 		 288 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  32.43 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  23.2 
 
 		 279 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 287 aa  89.7  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  34.93 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  28.02 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 284 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  33.85 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 271 aa  87  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  24.66 
 
 		 282 aa  87  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.21 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.46 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  30.46 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>