More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4620 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 293 aa  600  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 		 290 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 284 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  35.86 
 
 		 286 aa  169  6e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  37.16 
 
 		 279 aa  156  5.0000000000000005e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 286 aa  145  6e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 282 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  34.24 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  30.98 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  29.2 
 
 		 279 aa  115  6e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 331 aa  112  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 296 aa  109  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 289 aa  104  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 290 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 		 287 aa  99.4  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 293 aa  99  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.8 
 
 		 285 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.67 
 
 		 259 aa  92  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 282 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 283 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 283 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 285 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 290 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 286 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 280 aa  84.3  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  47.44 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  22.59 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 280 aa  75.5  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  36.43 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  28.4 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  32.28 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  32.28 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  32.28 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  26.62 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>