More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0297 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  617  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 305 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  56.75 
 
 		 296 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  195  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 		 329 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  39.06 
 
 		 288 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  38.93 
 
 		 288 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 281 aa  169  7e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 292 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  38.18 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 292 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 292 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  38.36 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  36.08 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  35.02 
 
 		 289 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  34.47 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  33.79 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  32.64 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  32.77 
 
 		 305 aa  138  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  32.45 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  33.45 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 295 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 319 aa  122  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  29.77 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  28.81 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  34.11 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  28.81 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.81 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.18 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.18 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.18 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.18 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.18 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 287 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 281 aa  99  9e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 271 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 289 aa  89.4  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  28.24 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  45.19 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 299 aa  85.5  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  21.9 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 278 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  37.4 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  22.44 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  24.7 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  26.81 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  27.48 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  23.68 
 
 		 283 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 285 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  24.82 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>