More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5317 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 290 aa  604  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  60.84 
 
 		 292 aa  380  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  41.03 
 
 		 293 aa  202  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  30.36 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  29.43 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  32.03 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.9 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  30.9 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  29.19 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  28.18 
 
 		 290 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 319 aa  112  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.52 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  26.21 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  27.61 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  28.14 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.72 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  27.72 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.82 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.82 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.82 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 289 aa  102  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.82 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  27.72 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.82 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 281 aa  98.6  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  25.34 
 
 		 305 aa  94  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  25.71 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  25.17 
 
 		 308 aa  89  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  26.21 
 
 		 266 aa  89  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 290 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  36.44 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.76 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  26.36 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.44 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  32.33 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 307 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  28.96 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1491  transcriptional regulator  25.09 
 
 		 270 aa  75.1  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.955629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>