More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4019 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 292 aa  602  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  60.84 
 
 		 290 aa  380  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  39.93 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  30.6 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  32.16 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  28.52 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  31.8 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  28.62 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  29.68 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 296 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  28.33 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  25.54 
 
 		 293 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  30.07 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.19 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.07 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  26.07 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  26.07 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  27.4 
 
 		 321 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.85 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.85 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.85 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.85 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.85 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  27.52 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  26.82 
 
 		 305 aa  102  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 274 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  23.96 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  26.45 
 
 		 263 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  23.61 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  34.59 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  28.92 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 286 aa  79  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  23.83 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.39 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  23.6 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  22.58 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 282 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  45.24 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1491  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.955629 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.21 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 409 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 409 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.66 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>