More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5975 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 299 aa  621  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  67.11 
 
 		 315 aa  437  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  56.27 
 
 		 294 aa  362  4e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  55.41 
 
 		 294 aa  357  9.999999999999999e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  54.36 
 
 		 297 aa  340  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.25 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 292 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 291 aa  105  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  27.76 
 
 		 291 aa  105  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 310 aa  103  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 271 aa  102  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  26.56 
 
 		 289 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  26.84 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  27.24 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  27.8 
 
 		 303 aa  98.2  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 281 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  25.74 
 
 		 290 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 290 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 305 aa  95.9  7e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  24.01 
 
 		 285 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 317 aa  95.5  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 286 aa  93.6  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 309 aa  92.8  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 282 aa  92.8  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 290 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25.48 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  31.03 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  38.53 
 
 		 331 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  24.71 
 
 		 288 aa  89  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.03 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.03 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.03 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.03 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.03 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  25.27 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 283 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  22.88 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  25.94 
 
 		 276 aa  87.4  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  23.21 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  28.3 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  28.3 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 287 aa  86.7  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.63 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  23.39 
 
 		 263 aa  85.5  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  25.98 
 
 		 293 aa  85.5  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>