More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3495 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  658    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  71.84 
 
 		 316 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  74.16 
 
 		 303 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 298 aa  272  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  43.29 
 
 		 296 aa  265  7e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  43.29 
 
 		 296 aa  265  7e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  43.84 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  43.84 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  43.84 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  43.84 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  43.84 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 296 aa  263  4e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  42.95 
 
 		 296 aa  263  4e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  31.14 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  33.45 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  28.48 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  32.81 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  29.29 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  30.89 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  32.94 
 
 		 288 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  33.99 
 
 		 288 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  29.21 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 317 aa  119  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 297 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 295 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  29.37 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  24.91 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  25.63 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 285 aa  99.4  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 287 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 295 aa  96.3  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 271 aa  95.9  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  48.98 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 307 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 287 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 331 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 278 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 281 aa  85.5  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 282 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  23.28 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 268 aa  78.2  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  25.57 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>