More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1539 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
293 aa  604  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  39.93 
 
 
292 aa  215  8e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  41.03 
 
 
290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 
297 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  32.97 
 
 
303 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  31.54 
 
 
289 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  31.18 
 
 
289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 
297 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  30.6 
 
 
290 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 
317 aa  145  9e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 
309 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 
295 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 
292 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 
304 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 
292 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 
290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 
292 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 
298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  32.27 
 
 
288 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 
295 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  32.04 
 
 
288 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 
293 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 
315 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 
295 aa  135  7.000000000000001e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 
292 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 
329 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 
295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 
310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  30.17 
 
 
293 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 
296 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 
303 aa  122  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  28.05 
 
 
321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 
296 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.17 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 
305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  29.47 
 
 
305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  27.97 
 
 
305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 
281 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  27.05 
 
 
303 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 
316 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 
295 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 
296 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.68 
 
 
298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.68 
 
 
298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.68 
 
 
298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.68 
 
 
298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.68 
 
 
298 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  24.48 
 
 
308 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 
293 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 
289 aa  98.6  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 
298 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.76 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 
290 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  29.76 
 
 
296 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  29.76 
 
 
296 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  24.9 
 
 
299 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.8 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 
299 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 
299 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  24.47 
 
 
291 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 
286 aa  90.9  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 
290 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 
271 aa  86.7  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 
287 aa  85.9  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 
287 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 
299 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 
259 aa  83.6  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 
295 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 
287 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 
290 aa  82  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 
295 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 
294 aa  79.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1491  transcriptional regulator  23.57 
 
 
270 aa  79.3  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.955629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 
293 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  25.33 
 
 
343 aa  78.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  25.78 
 
 
263 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 
294 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 
297 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 
285 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 
311 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 
274 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  24.5 
 
 
298 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 
297 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 
282 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 
315 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 
301 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 
282 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>