More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_04223 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04223  HpaA  100 
 
 		 296 aa  615  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  100 
 
 		 296 aa  615  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 296 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  99.66 
 
 		 296 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  87.41 
 
 		 298 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  87.41 
 
 		 298 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  87.41 
 
 		 298 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  87.41 
 
 		 298 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  87.41 
 
 		 298 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  69.34 
 
 		 298 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  47.04 
 
 		 316 aa  275  8e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  45.48 
 
 		 303 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 316 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.83 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  30.42 
 
 		 288 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  30.8 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  29.69 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.6 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  29.15 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  30.8 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 295 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.68 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 329 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  31.32 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 271 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  28.79 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  27.17 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 310 aa  105  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  28.46 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  27.82 
 
 		 308 aa  99  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 311 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 268 aa  93.6  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 282 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  26.91 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  37.88 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 293 aa  89.4  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 281 aa  89.4  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  42 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 315 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  30.65 
 
 		 343 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  44 
 
 		 263 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 287 aa  87  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 286 aa  86.7  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  30.46 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 285 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 281 aa  85.9  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 285 aa  85.5  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 285 aa  82.4  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 285 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  34.64 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>