More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1302 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 289 aa  598  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 294 aa  179  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  34.7 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  31.2 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 290 aa  105  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  27.09 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 307 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 282 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 292 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 293 aa  99.4  6e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  25.55 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 307 aa  99  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 286 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 293 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  27.76 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 285 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 294 aa  95.9  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 291 aa  93.6  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 279 aa  93.6  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  31 
 
 		 279 aa  93.6  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 274 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 278 aa  89.7  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 285 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 286 aa  88.2  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  38.6 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  38.6 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  38.6 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  38.6 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  38.6 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 290 aa  86.7  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 304 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  24.3 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  22.61 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.51 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  31.9 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  31.9 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  25.89 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  33.96 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.29 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.9 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 304 aa  79  0.00000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  34.56 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.09 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  26.46 
 
 		 276 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  28.76 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  26.7 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>