More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0873 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 286 aa  598  1e-170  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  45.59 
 
 		 282 aa  248  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  36.64 
 
 		 279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 		 282 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 331 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 290 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 279 aa  135  9e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  31.44 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 290 aa  112  8.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 297 aa  108  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 315 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 300 aa  102  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 280 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 295 aa  98.6  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 286 aa  93.6  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  29.01 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.54 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  22.5 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 306 aa  86.7  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 287 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 315 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 285 aa  86.3  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 281 aa  86.3  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 294 aa  85.5  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  26.88 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  22.95 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 280 aa  82  0.000000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  33.08 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 285 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  44.21 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.69 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.09 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.09 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.09 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.09 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.09 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2771  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.698515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  23.49 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 281 aa  79  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  22 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  36.94 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 274 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  36.94 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  36.94 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  22.65 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>