More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6762 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 287 aa  597  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 281 aa  132  7.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.49 
 
 		 294 aa  99.4  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 299 aa  99.4  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.41 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 290 aa  96.3  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 283 aa  95.5  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 289 aa  93.6  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.19 
 
 		 298 aa  93.2  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 286 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 294 aa  89  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 292 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 292 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 310 aa  87  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  24.81 
 
 		 291 aa  87  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 319 aa  86.7  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 289 aa  86.7  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  25 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 285 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  24.22 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  33.75 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  24.6 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  24.6 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 310 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  24.9 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  32.82 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  25 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 286 aa  79  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 281 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  24.6 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  21.29 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  22.59 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>