More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6061 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
290 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 
293 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  38.21 
 
 
284 aa  179  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 
286 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 
282 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  31.4 
 
 
279 aa  143  4e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  32.66 
 
 
279 aa  142  7e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 
286 aa  139  7e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  30.55 
 
 
331 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  31.44 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 
294 aa  115  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 
296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 
295 aa  112  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 
282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  31.66 
 
 
315 aa  108  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 
286 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
292 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 
295 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 
293 aa  103  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 
304 aa  103  5e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 
299 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
297 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 
290 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 
292 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 
289 aa  98.6  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  34.4 
 
 
295 aa  97.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 
280 aa  97.1  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 
299 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 
280 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 
289 aa  91.7  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 
290 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  26.92 
 
 
297 aa  89.7  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 
290 aa  89.7  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
307 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4316  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 
284 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131308  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 
295 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 
295 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 
289 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  22.34 
 
 
310 aa  87  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 
301 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.54 
 
 
311 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  42.72 
 
 
300 aa  86.3  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 
315 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 
305 aa  85.5  9e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 
305 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 
289 aa  84.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 
294 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 
292 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 
304 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  27.71 
 
 
299 aa  83.6  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 
292 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 
319 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 
295 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 
284 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 
283 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.58 
 
 
259 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 
310 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 
285 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 
290 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 
307 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 
292 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 
300 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 
286 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  29.25 
 
 
308 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 
301 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 
292 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 
300 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
290 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 
287 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  24.19 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 
292 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 
298 aa  79.7  0.00000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
293 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  29.24 
 
 
307 aa  79.3  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 
287 aa  79  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 
281 aa  79  0.00000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 
293 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  28.66 
 
 
288 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 
296 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.82 
 
 
283 aa  78.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 
305 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  28.14 
 
 
289 aa  77  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 
292 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  24.76 
 
 
309 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 
285 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 
290 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 
282 aa  75.9  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 
279 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  37.82 
 
 
293 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  21.6 
 
 
297 aa  75.5  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 
266 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 
289 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.58 
 
 
298 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>