More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2106 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  100 
 
 		 291 aa  609  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  32.07 
 
 		 298 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 297 aa  108  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 294 aa  108  8.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 285 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 319 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 290 aa  105  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  28.97 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 315 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 299 aa  94  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 292 aa  93.6  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 320 aa  93.2  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  23.21 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 281 aa  91.3  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 295 aa  90.1  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  22.4 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 351 aa  89.7  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  24.29 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 287 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 310 aa  86.3  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 301 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 282 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  26.21 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  24.08 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  21.4 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  26.51 
 
 		 266 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 285 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  22.06 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  20.99 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  23.05 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  22.78 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 280 aa  75.9  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  22.98 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  24.08 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  22.71 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  21.16 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  22.22 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  25.77 
 
 		 276 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>