More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1351 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 284 aa  600  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 		 295 aa  168  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  35.08 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 280 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  34.4 
 
 		 283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 280 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 311 aa  105  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 299 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 293 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 294 aa  99  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 274 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 282 aa  93.6  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 295 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1737  transcriptional regulator, AraC family  44.55 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  30.27 
 
 		 296 aa  92.4  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 283 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 271 aa  92.4  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 290 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  29.44 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 279 aa  86.3  5e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 285 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 319 aa  86.3  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 289 aa  85.9  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 287 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.62 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5451  transcriptional regulator, AraC family  34.13 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 282 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  45.71 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  20.72 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  23.1 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 279 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  22.43 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  26.19 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  27.8 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  28.73 
 
 		 331 aa  75.9  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2771  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 292 aa  75.5  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.698515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 295 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  23.98 
 
 		 303 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  40.57 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  24.48 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  24.41 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  22.56 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  23.11 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.58 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  24.32 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.58 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  22.45 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  24.11 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.58 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>