More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2749 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  93.43 
 
 		 290 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  61.32 
 
 		 295 aa  322  7e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 297 aa  268  8e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 310 aa  258  8e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 317 aa  246  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  38.91 
 
 		 329 aa  226  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 310 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  33.79 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 295 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 281 aa  163  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  37.02 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  33.45 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  33.45 
 
 		 296 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  34.13 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  35.31 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  31.23 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  33.45 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  30 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  31.77 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  32.06 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  30.23 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.11 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.11 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.11 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.11 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.11 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  28.72 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  28.72 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.72 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  28.86 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.43 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  28.72 
 
 		 303 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.46 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 315 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  28.08 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 343 aa  94.7  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 289 aa  92.4  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 284 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  31.22 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  43.81 
 
 		 282 aa  89.4  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 278 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 283 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  35.88 
 
 		 282 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  44.66 
 
 		 286 aa  86.7  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 311 aa  85.9  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 304 aa  85.5  9e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  32.09 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 290 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  38.52 
 
 		 331 aa  82.4  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  45.26 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 294 aa  82  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>