More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1346 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 310 aa  652    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  42.81 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 		 286 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 283 aa  176  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 292 aa  164  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 280 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 284 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1737  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  31.2 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 274 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 289 aa  102  9e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 283 aa  99.4  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 278 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  25.41 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  26.3 
 
 		 291 aa  97.1  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 290 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  21.96 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 282 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  22 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 304 aa  93.2  6e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  21.96 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.85 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.98 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  28.1 
 
 		 288 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 292 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 297 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 286 aa  87  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  36.48 
 
 		 279 aa  87  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 280 aa  86.3  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  21.01 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 297 aa  85.9  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5451  transcriptional regulator, AraC family  28.86 
 
 		 270 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  40.71 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  22.31 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 279 aa  82.8  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.69 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  22.54 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  24 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.57 
 
 		 283 aa  80.1  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  26.8 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  20.16 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  23.85 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 285 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  21.03 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  24.49 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>