More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1456 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 271 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  34.08 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 289 aa  132  7.999999999999999e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 290 aa  131  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 286 aa  122  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 292 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  32.05 
 
 		 311 aa  116  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 287 aa  115  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.68 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  30.68 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  30.68 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  27.89 
 
 		 288 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  27.89 
 
 		 288 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 290 aa  108  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 315 aa  106  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 295 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 289 aa  105  6e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 283 aa  105  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.78 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  24.9 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.86 
 
 		 298 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.86 
 
 		 298 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.86 
 
 		 298 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.86 
 
 		 298 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.86 
 
 		 298 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  27.1 
 
 		 298 aa  99.4  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 315 aa  99  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  23.32 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  24.6 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 295 aa  96.7  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  26.42 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  27.5 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 305 aa  96.3  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 280 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 291 aa  95.9  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 298 aa  94  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  26.98 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 293 aa  94  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 		 259 aa  93.2  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 287 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  29.18 
 
 		 290 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 294 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 292 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 282 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 278 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 280 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 305 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 304 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 300 aa  88.6  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 281 aa  88.2  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  24.7 
 
 		 276 aa  86.3  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 290 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 280 aa  85.9  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 274 aa  85.9  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 287 aa  85.9  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.6 
 
 		 300 aa  85.5  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 286 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 279 aa  85.5  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>