More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7131 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 283 aa  587  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  43.84 
 
 		 282 aa  250  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  32.88 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 290 aa  126  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 286 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 271 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 292 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 		 297 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.1 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 310 aa  99.4  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 315 aa  99  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 319 aa  98.2  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 		 287 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 299 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  29.2 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  26.72 
 
 		 291 aa  95.5  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  28.17 
 
 		 305 aa  95.5  9e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  28.11 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.63 
 
 		 266 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 282 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 295 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 284 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 304 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  35.34 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 294 aa  90.1  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  27.45 
 
 		 276 aa  89.7  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 288 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 294 aa  89.4  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 296 aa  89  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 281 aa  89  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 301 aa  86.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  28.69 
 
 		 321 aa  85.9  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 285 aa  86.3  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  27.4 
 
 		 285 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 286 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 293 aa  82  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 313 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.4 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.4 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.4 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.4 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>