More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1434 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 304 aa  625  1e-178  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  68.5 
 
 		 289 aa  389  1e-107  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  61.57 
 
 		 305 aa  360  1e-98  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  41.91 
 
 		 280 aa  228  1e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 282 aa  194  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  30.03 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 286 aa  117  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 		 294 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  31.89 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  29.63 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 290 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 293 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 287 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  31.2 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 293 aa  97.1  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 295 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 295 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 281 aa  95.5  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 283 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  29.12 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 282 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 315 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  26.46 
 
 		 276 aa  89  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 286 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 280 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  29.61 
 
 		 279 aa  87.4  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 290 aa  86.3  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  40.43 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 290 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  34.35 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  25.91 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  29.79 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  42.55 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  40.4 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 274 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  35.71 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  30.43 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>