More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2708 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  648    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 310 aa  332  4e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  47.23 
 
 		 329 aa  310  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  289  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 310 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  45.83 
 
 		 290 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 290 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  45.15 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  175  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  34.49 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  31.16 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  32.3 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 292 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  31.69 
 
 		 289 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  36.33 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  32.04 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 315 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  31.47 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 293 aa  136  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  33.1 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 281 aa  132  9e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  28.77 
 
 		 321 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  30.92 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.43 
 
 		 316 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.59 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.59 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.59 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.59 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.59 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  29.92 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  27.95 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  27.95 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.95 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  108  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 315 aa  106  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 290 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.38 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  25.19 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 282 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 281 aa  90.1  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  27.2 
 
 		 263 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 290 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 278 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  28.81 
 
 		 343 aa  87.4  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  22.92 
 
 		 280 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 295 aa  82.4  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 283 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>