More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5626 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 285 aa  589  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  45.3 
 
 		 287 aa  257  1e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 286 aa  132  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 285 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 289 aa  119  7.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 271 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  106  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  28.23 
 
 		 291 aa  105  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 278 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 294 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 287 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 295 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  28.79 
 
 		 299 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 316 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 282 aa  99  8e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 282 aa  99  8e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  25.8 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 281 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 274 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  24.83 
 
 		 288 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 282 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.92 
 
 		 266 aa  96.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 292 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  28.46 
 
 		 291 aa  96.3  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 289 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  24.48 
 
 		 288 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 276 aa  94  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  25.72 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  26.54 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 280 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 319 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 283 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 279 aa  89  7e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 		 280 aa  89  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  27.09 
 
 		 289 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 282 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 286 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 296 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.54 
 
 		 259 aa  86.7  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 304 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  85.9  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 290 aa  85.5  9e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  25.28 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 281 aa  84  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  24.11 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>