More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2211 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 293 aa  606  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  34.13 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 295 aa  145  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  31.2 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 283 aa  119  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  41.61 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 289 aa  108  7.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 307 aa  99  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 280 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 285 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 279 aa  93.2  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  44.34 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  42.2 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 282 aa  89.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  50.59 
 
 		 274 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 		 285 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 289 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 		 290 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  38.17 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1737  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  32.87 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  30.54 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.84 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  31.06 
 
 		 288 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  21.37 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  23.49 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  30.72 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5451  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 270 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  34.97 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  30.41 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  29.38 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  32.24 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  28.76 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  32 
 
 		 279 aa  74.3  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  22.71 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  29.22 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  22.31 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  30.23 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  29.05 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 316 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>