More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5549 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 295 aa  604  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 286 aa  142  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  32.42 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  32.42 
 
 		 289 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 289 aa  123  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 287 aa  122  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  32.88 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  28.17 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.11 
 
 		 259 aa  114  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 290 aa  112  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  31.03 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 266 aa  108  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 279 aa  105  9e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  31.32 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 280 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 309 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 283 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 289 aa  102  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  27.9 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  29.04 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  29.72 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  30.16 
 
 		 276 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.27 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  30.12 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 284 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 289 aa  99.4  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 292 aa  99  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  28.22 
 
 		 307 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 284 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 282 aa  96.3  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.34 
 
 		 316 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 317 aa  95.5  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 290 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 286 aa  95.5  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 274 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>