More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4042 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 295 aa  609  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  55.51 
 
 		 301 aa  311  7.999999999999999e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  46.38 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  46.69 
 
 		 300 aa  265  8.999999999999999e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  46.32 
 
 		 300 aa  257  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  43.88 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 309 aa  239  5e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 320 aa  238  6.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  44.32 
 
 		 307 aa  237  1e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  39.48 
 
 		 300 aa  236  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  38.01 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  42.35 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  42.44 
 
 		 292 aa  226  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  39.15 
 
 		 328 aa  225  8e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 289 aa  224  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  39.06 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  38.41 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  41.15 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.96 
 
 		 283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 319 aa  188  8e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  33.07 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  36.54 
 
 		 188 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 289 aa  93.2  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 290 aa  92.8  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 313 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 290 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  30.49 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  22.96 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  23.17 
 
 		 280 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  22.53 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.15 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  36.61 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.53 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 286 aa  69.7  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  24.38 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  30.14 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  25.39 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 		 284 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25 
 
 		 311 aa  67  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  39.24 
 
 		 321 aa  67  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  22.09 
 
 		 279 aa  67  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>