More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4329 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 319 aa  664    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  49.84 
 
 		 309 aa  333  3e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  50.82 
 
 		 307 aa  327  2.0000000000000001e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  47.1 
 
 		 328 aa  290  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  42.96 
 
 		 300 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  40.7 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  42.81 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  43.55 
 
 		 297 aa  229  7e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  43.79 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  44.01 
 
 		 300 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  40.14 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  40.35 
 
 		 303 aa  210  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  39.64 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  38.13 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  37.73 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  37.98 
 
 		 283 aa  184  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  37.94 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  35.69 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  34.98 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  29.58 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 312 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  37.34 
 
 		 188 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 299 aa  93.2  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 290 aa  85.9  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  38.18 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  41.3 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.27 
 
 		 292 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 281 aa  69.3  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  33.62 
 
 		 293 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 283 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  27.98 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 295 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  22.91 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  33.07 
 
 		 279 aa  65.9  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 329 aa  65.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  37.35 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  33.64 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  29.94 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  37.14 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  34.17 
 
 		 760 aa  62.8  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3551  helix-turn-helix domain-containing protein  34.09 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.427792  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 289 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  31.3 
 
 		 291 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 294 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 280 aa  62.4  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 307 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>