More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3298 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 300 aa  627  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  74.67 
 
 		 300 aa  475  1e-133  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  67.34 
 
 		 297 aa  424  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  53.36 
 
 		 300 aa  348  8e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  54.36 
 
 		 297 aa  345  8e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  51.01 
 
 		 320 aa  340  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  51.33 
 
 		 302 aa  335  5e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  53.16 
 
 		 301 aa  334  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  50.65 
 
 		 309 aa  317  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  50.49 
 
 		 307 aa  312  4.999999999999999e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 		 328 aa  298  8e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  50.92 
 
 		 289 aa  287  1e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 303 aa  278  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  48.53 
 
 		 292 aa  276  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  47.21 
 
 		 289 aa  276  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  46.32 
 
 		 295 aa  272  5.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  45.39 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  48.05 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 283 aa  249  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  44.89 
 
 		 303 aa  246  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  44.01 
 
 		 319 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.38 
 
 		 283 aa  223  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  40.26 
 
 		 309 aa  221  8e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  53.85 
 
 		 188 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 289 aa  162  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 312 aa  125  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 303 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.2 
 
 		 307 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  26.01 
 
 		 305 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 289 aa  89.4  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 306 aa  85.5  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 308 aa  85.5  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  24.37 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  23.95 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  25.24 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.92 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.17 
 
 		 259 aa  78.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  27.35 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  24.35 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  22.55 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  24.18 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  28.31 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  22.44 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  23.81 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  40.24 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  27.17 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  22.92 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>