More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4108 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  637    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  51.47 
 
 		 306 aa  322  6e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  51.5 
 
 		 306 aa  310  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  50.65 
 
 		 306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  49.83 
 
 		 304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  49.02 
 
 		 305 aa  301  9e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  50.33 
 
 		 302 aa  299  4e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  50.83 
 
 		 305 aa  296  4e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  47.71 
 
 		 303 aa  295  8e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  49.33 
 
 		 302 aa  291  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  49.49 
 
 		 306 aa  291  8e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  49.82 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  48.17 
 
 		 302 aa  288  7e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.18 
 
 		 299 aa  288  7e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 306 aa  287  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  47.39 
 
 		 306 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  47.04 
 
 		 306 aa  286  4e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  46.49 
 
 		 305 aa  283  4.0000000000000003e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  49.47 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 301 aa  279  4e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  48.32 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  47.02 
 
 		 300 aa  277  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  43.28 
 
 		 304 aa  275  6e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  46.6 
 
 		 304 aa  275  6e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45 
 
 		 311 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  47.8 
 
 		 305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  45.51 
 
 		 312 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  45.51 
 
 		 305 aa  271  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  48.26 
 
 		 304 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  48.25 
 
 		 305 aa  268  8e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  45.64 
 
 		 305 aa  265  5e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  47.04 
 
 		 301 aa  262  4.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  45.49 
 
 		 307 aa  259  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  44.03 
 
 		 300 aa  251  9.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  45.08 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 304 aa  249  5e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  45.91 
 
 		 303 aa  247  1e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  44.11 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  42.61 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  41.02 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  39.13 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  41.98 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  41.43 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  37.16 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  36.39 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 296 aa  93.2  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  28.76 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.88 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 87 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 115 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.33 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.51 
 
 		 259 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 286 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  27.75 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  24.59 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  24.17 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  34.94 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  22.55 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 537 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  32.94 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 		 283 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  22.96 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 344 aa  62.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  25.85 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>