More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1884 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  720    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  41.3 
 
 		 353 aa  265  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  31.7 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 333 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  30.14 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 382 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 331 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  31.47 
 
 		 352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 338 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 338 aa  142  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 364 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4386  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 344 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.282162  normal  0.109494 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4905  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 344 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.205167 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  29.8 
 
 		 387 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4964  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.075656  normal  0.378723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2010  helix-turn-helix domain-containing protein  31.35 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0713  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5322  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0019262  decreased coverage  0.00625276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3403  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3753  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 362 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 340 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 339 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 335 aa  133  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3527  helix-turn-helix domain-containing protein  28.03 
 
 		 340 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 341 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5098  helix-turn-helix domain-containing protein  28.79 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.521536 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2211  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2150  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.511846  normal  0.0224747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2197  AraC family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.536448 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  27.69 
 
 		 330 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  29.26 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 375 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 356 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5444  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 341 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 334 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3655  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2141  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 348 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 386 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 338 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 352 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 339 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 373 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 361 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 353 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0400  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0917  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 375 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.323818  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2177  AraC family transcription regulator  27.33 
 
 		 375 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0825  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 375 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 338 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1804  AraC family transcription regulator  27.02 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0242  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 353 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7688  transcriptional regulatory protein  26.92 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.636938  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0381  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  26.63 
 
 		 340 aa  106  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 345 aa  105  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.65 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4267  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 331 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0662  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 339 aa  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 344 aa  103  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>