More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1557 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  702    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  79.29 
 
 		 343 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  78.4 
 
 		 343 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  68.62 
 
 		 342 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  45.67 
 
 		 337 aa  294  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 345 aa  249  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  36.72 
 
 		 348 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 345 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  34.85 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.09 
 
 		 353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 353 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 353 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  32.34 
 
 		 344 aa  152  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  28.92 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 364 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  31.55 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  33.13 
 
 		 343 aa  146  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 346 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 334 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 336 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  29.59 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 345 aa  139  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  31.66 
 
 		 348 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 337 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 347 aa  136  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 340 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 347 aa  133  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 382 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 347 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 344 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  31.06 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 345 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 		 343 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.27 
 
 		 343 aa  129  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  27.46 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  31.48 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  30.03 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  31.29 
 
 		 366 aa  126  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 396 aa  126  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 		 337 aa  124  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 356 aa  123  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 349 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 353 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.21 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  29.88 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  40.41 
 
 		 198 aa  119  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  30.41 
 
 		 352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  31.32 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 		 333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 332 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 330 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.09 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 341 aa  116  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  28.85 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 330 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  30.63 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  29.27 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 356 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 372 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 334 aa  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 417 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 338 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 346 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>