More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0593 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 348 aa  719    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  67.94 
 
 		 345 aa  496  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 		 343 aa  255  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 343 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 344 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 342 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  34.64 
 
 		 337 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 359 aa  119  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 353 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.3 
 
 		 360 aa  119  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 345 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  24.54 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.07 
 
 		 343 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  30.07 
 
 		 348 aa  114  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  29.14 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 359 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 337 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 330 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 335 aa  105  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 347 aa  105  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  27.71 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  25.41 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 340 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 396 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  28.45 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 346 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 346 aa  99.8  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 339 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 330 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 336 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 333 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 349 aa  97.1  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 352 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 340 aa  96.7  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 338 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  25.15 
 
 		 352 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 362 aa  95.1  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 		 337 aa  94.4  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 358 aa  94.4  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 346 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 344 aa  93.6  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 335 aa  93.6  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  25.86 
 
 		 346 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  22.7 
 
 		 345 aa  92.8  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  27.06 
 
 		 339 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 341 aa  92.4  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  25.85 
 
 		 343 aa  91.3  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  30 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 364 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  26.73 
 
 		 339 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 346 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 360 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  21.85 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 341 aa  87.8  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 348 aa  87.8  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 338 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 417 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  27.65 
 
 		 356 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 348 aa  86.7  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  24.77 
 
 		 330 aa  86.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  37.58 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 356 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1519  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 355 aa  85.1  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0248055  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  25.07 
 
 		 341 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 361 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 367 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 339 aa  84.3  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  25.14 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>