More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1889 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 360 aa  725    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  52.85 
 
 		 344 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 342 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  43.84 
 
 		 350 aa  243  3.9999999999999997e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 398 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 352 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  40.36 
 
 		 321 aa  231  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 373 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  40.9 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 364 aa  222  9e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1759  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.206949  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  40.12 
 
 		 340 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 340 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 370 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  39.2 
 
 		 351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  32.94 
 
 		 344 aa  188  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3648  transcriptional regulator, AraC family protein  38.44 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 339 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 330 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 345 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 345 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 364 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 345 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 345 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 382 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 330 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  33.22 
 
 		 354 aa  142  7e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 369 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 369 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  34.08 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  32.51 
 
 		 347 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 356 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  36 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  35.69 
 
 		 339 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 364 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 389 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 389 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 341 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 353 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 359 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 353 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 389 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 385 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 247 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 425 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 398 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 288 aa  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  33.44 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  29.45 
 
 		 345 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 344 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  29.58 
 
 		 327 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 356 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 334 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  29.71 
 
 		 347 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  30.42 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  29.76 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  30.28 
 
 		 335 aa  115  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 337 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>