More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1666 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  100 
 
 		 360 aa  751    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  83.75 
 
 		 359 aa  633  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 357 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 340 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 345 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  40.22 
 
 		 346 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  40.22 
 
 		 346 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 346 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  39.83 
 
 		 352 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 346 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  33.24 
 
 		 348 aa  229  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 344 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 345 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 336 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 345 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  25.64 
 
 		 339 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 364 aa  122  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  25.64 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  24.86 
 
 		 341 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 337 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  26.3 
 
 		 348 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  25.85 
 
 		 327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 341 aa  116  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 344 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  23.85 
 
 		 338 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3547  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 382 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 355 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 353 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 356 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 334 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.64 
 
 		 353 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  31.37 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  25.42 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  23.25 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  23.25 
 
 		 335 aa  110  5e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 356 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 353 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  23.78 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5972  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0382965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 364 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  26.5 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  25.98 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 336 aa  106  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  24.28 
 
 		 330 aa  105  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5728  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6229  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 334 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.662728  normal  0.031782 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6705  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 334 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.529827 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1602  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 334 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  24.57 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 353 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 338 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 337 aa  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 341 aa  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 389 aa  103  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 335 aa  103  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  31.77 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  24.23 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  31.77 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  22.32 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  24.48 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  25.14 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4256  AraC family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 338 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.933319  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  23.46 
 
 		 348 aa  99.8  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>